A baktérium sejtek oxigén jelenlétében, de sok fajuk oxigén hiányában is képesek szaporodni. Nem minden baktérium kórokozó, bizonyos baktériumok szimbiózisban élnek az emberi szervezettel, például a bélcsatornában számos baktérium elengedhetetlen az emésztéshez, a K vitamin képződéséhez…

A baktériumokkal a föld bármely területén találkozhatunk. Körülbelül 40 millió baktériumsejt van egy gramm talajban és nagyon magas lehet a baktérium szám egy milliliter édesvízben is.

Ami az emberi szervezetet illeti, kiszámították, hogy a baktérium szám akár 10¹² lehet egy szennyezett bőrön, akár 10¹⁰ a szájüregben, az emésztőrendszerben 10¹⁴ számú baktérium segíti az emésztésünket. (A bél flóra többsége ártalmatlan vagy hasznos a szervezetnek) Hasznosak lehetnek az ember számára a szennyvíztisztítás folyamatában, az agráriparban a joghurt, kefír és sajtkészítésben és a gyógyszergyártásban is.

Mindemellett számos veszélyes kórokozó is ismeretes, melyekfertőző betegség okozói. Így például élelmiszer eredetű fertőzéseket okoz többek között a Salmonella, Campylobacter, E. coli, Listeria. Élelmiszer okozta mérgezéseket is okoznak gennykeltő kórokozók pl. a S. aureus, vagy az antibiotikumoknak ellenálló MRSA mely gyakori kórházi fertőzéseket okozhat nem megfelelő felület- és kéz-fertőtlenítés esetén, mivel rendkívül gyors szaporodásra képesek.